O curso de Pós-Graduação em Ciências da Religião se constitui como cooperação interinstitucional através do sistema de Associação temporária entre a Universidade Federal de Sergipe (UFS) e a Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF). A associação temporária tem como finalidade fortalecer, através da troca de experiências, as condições necessárias para a consolidação do curso de Pós-Graduação stricto sensu na área de Ciências da Religião na UFS com autonomia.

A escolha pela Universidade Federal de Juiz de Fora, para compor esta parceria, teve como motivos, em primeiro lugar, o nível de excelência que o Programa de Pós-Graduação da Universidade Federal de Juiz Fora tem mantido desde a sua criação junto a CAPES)

Em segundo lugar, é importante observar, a afinidade temática e a formação acadêmica dos professores que compõem o PPGCIR/UFS e o PPGCI/UFJF. O Mestrado em Ciências da Religião tem uma linha de concentração: “Práticas e fundamentos do fenômeno religioso”  constituída por duas linhas de pesquisas: Campo religioso brasileiro e Fundamentos e crítica das ideias religiosas. A primeira linha tem como objetivo a investigação descritivo-interpretativa dos diversos aspectos associados ao fenômeno religioso. Dada à complexidade dos temas associados, o fenômeno religioso exige, para sua abordagem descritiva, a utilização de ferramentas metodológicas distintas, provenientes das diferentes áreas. Assim, utilizando este conjunto plural de ferramentas oriundas pretende-se:

1) Pesquisar os diversos movimentos religiosos na história brasileira (incluindo os movimentos tradicionais e os novos movimentos religiosos).

2) Investigar o desenvolvimento dos eventos de religiosidade popular (particularmente no âmbito regional).

3) Descrever as relações dos movimentos religiosos e da religiosidade popular com outras dimensões da esfera cultural (dimensão econômica, política, etc.).

Esta linha de pesquisa expressa sua relevância após considerarmos a importância do fenômeno religioso como uma dimensão decisiva na constituição das identidades sócio-culturais brasileiras. No seu aspecto local, diferentes dimensões (étnica, política, econômica, artística etc.) se reúnem, fornecendo um objeto de investigação que parte do fenômeno estritamente religioso, mas que permitem, paralelamente, uma compreensão mais ampla das raízes históricas da sociedade sergipana.

A segunda linha de pesquisa do mestrado em Ciências da Religião tem como objetivo discutir o fenômeno religioso priorizando dois aspectos: particular (centrando-se nos fundamentos epistemológicos das crenças) e geral (buscando compreender o fenômeno religioso como parte integrante da formação espiritual, mas também, cultural e política do ser humano investigando, assim, seus conflitos e contribuições na construção de uma sociedade plural e tolerante. Nessa perspectiva, alguns temas são recorrentes, tais como: laicidade, democracia, religião e pós-modernidade, diversidade religiosa, o sagrado na arte e na literatura, estrutura das crenças religiosas, filosofia.